FileZilla bắt đầu là dự án khoa học máy tính trong tuần thứ hai tháng 1 2001 bởi Tim Kosse và hai bạn cùng lớp. Trước khi bắt đầu viết mã cho dự án, họ đã thảo luận xem nên chọn loại giấy phép nào cho những dòng mã sẽ được công bố.Cuối cùng họ quyết định FileZilla là dự án mã nguồn mở, bởi vì đả có rất nhiều trình khách FTP và họ không nghỉ rằng mình có thể bán được, thậm chí một bản nếu như họ để filezilla là một phần mềm thương mại.[4]

Phiên bản alpha được phát hành vào cuối tháng 2 2001, và tất cả các tính năng cần thiết đã được bổ sung vào bản beta 2.1.

Từ phiên bản 3 FileZilla hỗ trợ thêm Linux và Mac OS X.